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保障水环境质量；通过为微生物提供必要的碳源，可以确保微生物有效地降解污水中的污染物，防止污染物未经处理就排放到水体环境中。污水中如果含有过多未经处理的有机物、当地氮磷等污染物进入水体，就会造成水体富营养化。例如，过量的氮磷会导致水体中的藻类大量繁殖，消耗水中的氧气，影响水中其他生物的生存，破坏水体生态平衡。而有充足的碳源供微生物利用，可以有效地去除污水中的这些污染物，如将有机污染物分解为二氧化碳和水，将氮磷转变为无害的物质或者去除，，合适的碳源可以诱导酶系统的产生，这些酶可以参与氧化还原反应，使难降解有机物的分子结构发生改变，从而逐步被分解。这一过程有助于进一步降低废水中的污染物浓度，像提高化学需氧量（COD）、总有机碳（TOC）等指标的去除率，从而出水水质，使处理后的水更加符合排放或者回用的标准。
碳源（carbonsource）是可为污（废）水生化处理系统的微生物生长代谢提供营养物的含碳元素化合物，也是微生物或藻类细胞组成或代谢产物中，用于提供碳框架所需碳的各种物质。从释放碳的角度看，它是指向大气中释放碳的过程、附近活动或机制。（一）按照成分情况分类；单一碳源：只含有一种有效碳源成分的碳源。其有效成分为具有单一分子式和分子结构的、且易被微生物利用的有机化合物，如甲醇、附近乙醇等小分子醇类；甲酸、同城乙酸等小分子有机酸和有机酸盐类；葡萄糖、附近果糖等糖类物质。复合碳源：由两种或两种以上的有效碳源成分组成，有效碳源成分之间须兼容且无化学反应、附近不存在风险的碳源。例如通过对一些糖类、农产品废料等进行发酵制成的生物制品，其主要组分是小分子有机酸、本地醇类、糖类等的生物质碳源，就是复合碳源的一种。
在水产养殖环境中的作用稳固水体菌藻相平衡：碳是藻类十分重要的营养元素，相当于是藻类的骨架。向水体中补充含碳源的物质能够补充有机碳，稳固水体菌藻相平衡，进而稳定水体的pH。例如很多水产养殖池塘中如果水中缺碳，藻类生长缓慢或者不稳定，补充像乙酸钠这样的碳源，可以为藻类的生长提供必要的碳元素，促进藻类的光合作用，增加水中的溶氧量；同时维持有益微生物在水体中的比例和活性，防止因天气突变等原因引起水质的剧烈变化，起到稳定养殖水体生态环境的作用。促进有益微生物和藻类繁殖：水体中的碳源富含发酵蛋白、同城氨基酸和还原糖时，能有助于促进有益藻类和微生物的繁殖生长，稳定水色。水产养殖中的藻类可以为养殖生物提供氧气、本地作为食物来源等重要作用，有益微生物则有助于分解水体中的有害物质、本地调节水体生态环境等，所以碳源通过促进它们的生长对整个养殖环境产生积极影响，如新生成的有益微生物能够分解残饵、粪便等，防止水中有机物的过度积累。
